根據立法院預算中心報告指出，台鐵公司化後，誤點情況反而惡化，113年誤點列車增至2萬2033列次，總計45.3萬餘分鐘，114年為1萬6777列次及39.1萬餘分鐘，其中自強號及莒光號最嚴重。對此，台鐵表示，因為非封閉式路線，行車易受外部因素干擾，已定期召開誤點改善小組會議，持續改善提升列車準點率。預算中心報告表示，台鐵公司化前，111年列車延誤1萬5900列次及34.3萬餘分鐘、112年延誤1萬2804列次及27.3萬餘分鐘；公司化後，113年增至2萬2033列次及45.3萬餘分鐘，114年為1萬6777列次及39.1萬餘分鐘，115年1至7月仍有9412列次及21.6萬餘分鐘。列車延誤原因，集中於設備故障、天然災變、死傷事故與外物入侵等，顯示日常巡檢與預防性維護及防災韌性仍待精進。